(一)山东大学发展研究院实行理事会领导下的院长负责制。理事会为山东发展研究院的最高决策机构,理事会成员由山东省各相关部门和企事业单位的领导、山东大学的领导、国内外相关领域的知名学者和专家组成。理事会通过选举的方式产生理事长、副理事长和秘书长。理事会负责审议发展研究院的发展目标、发展战略,推选研究院院长。
(二)发展研究院的常设行政机构实行院长负责制。院长由理事会推选,由山东大学聘任。院长负责研究院的全面工作,并就研究院的学术规划、人才聘任、财务预算等重大事项定期向理事会汇报。山东大学为院长配备1名常务副院长和2名副院长。院长授权常务副院长负责发展研究院的日常工作,对于重大事项,常务副院长向院长汇报。
(三)发展研究院建立独立的学术委员会,并根据《山东大学学术委员会章程》的规定,负责有关学术评价、学科建设、学风维护和研究任务的分配、研究成果的评估等工作。作为山东大学的“学术特区”,发展研究院学术委员会委员应是国内外相关领域著名学者,由院长提名,报山东大学学术委员会常委会审核、备案。其人员由山东经济研究院的专家、校内其他相关专业的专家、校外其他相关领域的专家三部分组成,各占三分之一。发展研究院学术委员会委员选举产生学术委员会主任1名、副主任1-2名,由山东大学校长聘任。